Ну учитывая, что доплату до среднего фирма производит из своего кармана, логично, что она и устанавливает правила расчета этого среднего. Обычно в договоре ниже должна идти расшифровка терминологии - что они имеют в виду под понятием "среднее" и с какого периода работы в организации у вас пойдет такой расчет.